4x01 - Impact
Apokalipszis Mexikóban tűnik fel, és egy áthatolhatatlan gömböt húz maga köré. A Testvériség hazaviszi Mystique szobrát, és szórakoznak vele, ám Kurt elviszi az Intézetbe, ami viszont Vadócnak nem tetszik. Kurt egy könnycseppet lát legördülni a szobor szeméből, ezért megkéri a professzort, hogy vizsgálják meg, de ők nem találnak életjelet. A professzorék elmennek Mexikóba, hogy megnézzék a gömböt, de még Árnymacska segítségével sem jutnak semmire. Magneto megpróbálja elpusztítani, de Apokalipszis felrobbantja. Kurt Agatha Harkness segítségét kéri Mystique-kel kapcsolatba, aki azt mondja, hogy csak Vadóc képes erre, ám ő széttöri a szobrot.

4x02 - No Good Deed
A Testvériség - Wanda egyik kitörésének köszönhetően - rájön, hogy milyen kifizetődő megmenteni az embereket. Főleg úgy, ha ők okozzák a problémát is. Az emberek hamarosan hősökként tisztelik őket, és az X-eket pedig börtönbe záratják, ám amikor egy kísérletük kudarcba fullad, az X-ek mentik meg a helyzetet, és a Testvériségtől elvesznek mindent, amit adtak nekik.

4x03 - Target X
Farkast elrabolja egy Vörös Omegának nevezett mutáns, aki mindenkit el akar pusztítani az X fegyverrel kapcsolatban. Jeant és Scottot kinevezik tanároknak, ám nem nagyon tudnak fegyelmezni. Miközben Logan menekül, a segítség X23 formájában érkezik, aki a valódi célpontja Vörös Omegáéknak. X23 célja a Hydra teljes elpusztítása, ami végül sikerül is neki, ám azt hiszik, hogy ő is velük hal, de ez nem igaz. Végül Jeanék is kivívják a tiszteletet.

4x04 - Sins Of The Son
Felbukkan Xavier volt felesége, akitől - mint kiderült - született egy fia, David, akit most elraboltak. Jeant és Scottot utánaküldik, akik hamarosan kiderítik, hogy ki lehet a tettes: egy mutáns, Lucas. Ezután az is kiderül, hogy David, Lucas, és Ian (akit David "talált", kilenc évesnek néz ki, és néma) egy és ugyanaz az ember. Xavier megpróbálja felszabadítani Davidet a többiek nyomása alól, de végül Lucas győz.

4x05 - Uprising
Ebben az epizódban felbukkan Evan, aki a tüskéit most már fel is tudja izzítani. A mutánsok elleni harcba kapcsolódott be, többek között Amarát és Samet is megvédte. Közben egyre többet tudnak meg a piramisok körülötti gömbökről, ám elpuszítatni még mindig nem tudják. A kormány újraindíttatja a robot programot. Farkas megkeresi Evant, hogy beszéljen vele. Feltűnik egy Dorian nevű fiú is, aki képes eltüntetni az energiát maga körül.

4x06 - Cajun Spice
Gambit egy reggel elrabolja Vadócot, és Louisiana-ba viszi, hogy segítsen neki apja kiszabadításában. Vadóc némi vita után beleegyezik, miközben az X-ek a keresésükre indulnak. Megérint egy embert, aki tudja, hogy hol van Gambit apja. Miután őt kiszabadították, Vadóc megszerzi Gambit emlékeit, és rájön, hogy csak kihasználták.

4x07 - Ghost Of A Chance
Kitty, miközben Vadócékkal quadozik a rezervátum környékén, leesik, és egy mutáns lány menti meg, Danielle Moonstar, aki illúziókat képes létrehozni. Az intézet befogadja őt, ám másnapra eltűnik, és Kittyn kívül senki sem emlékszik rá, ő pedig a keresésére indul, hogy bebizonyítsa: Danielle tényleg létezik. Végül megtalálja, és közösen ki is szabadítják a barlangból, ahol két éve tűnt el.

4x08 - Ascension - Part 1
Az X-ek elfogják Mesmerot, hogy információkat szedjenek ki belőle. A professzor megpróbál beszélni Apokalipszissel, ám ő elfogja Xaviert és Ciklont is, kétségbeejtve ezzel a tanítványaikat. Óriásrobotok támadják meg a kupolákat, és az X-ek segítséget kérnek a többi mutánstól. így négy csapat indul útnak, hogy megállítsák Apokalipszist és négy lovasát (a Professzor, Ciklon, Mystique és Magneto).

4x09 - Ascension - Part 2
A négy csapat harcba szállt Apokalipszis ellen, ám úgy tűnik, szinte lehetetlen őt, és lovasait legyőzni. A piramisok tetejét fellövik, ezáltal az egész bolygón egy hálózatot alkotva, amellyel megfertőzik az emberiséget. Vadóc Dorian erejét felhasználva eljut Apokalipszishez, és visszazárja őt a járművébe, megakadályozva így a katasztrófát. A lovasok visszaváltoznak eredeti valójukba, majd a professzor beszámol arról, amit Apokalipszis agyában látott, azaz a jövőről.