3x01 - Az igazs�g napja (Day Of Recovery)
A szabadon maradt mut�nsok menek�l�sre k�nyszer�lnek. Elektro a martal�cokhoz viszi az �joncokat. V�g�l k�z�sen eld�ntik, hogy kiszabad�tj�k a fogs�gba esett mut�nsokat. Ez siker�l is nekik, �m mivel Mystique nem hajland� el�rulni, hogy hov� t�ntette X professzort, ez�rt elz�rja el�le a menek�l�s �tj�t. A mut�nsoknak tov�bbra is bujk�lniuk kell.

3x02 - A h�s�k k�teless�ge (The Stuff Of Heroes)
Az emberek �tvizsg�lj�k a mut�nsok h�zait, �s a TV-ben leadj�k az arcukat, hogy min�l el�bb k�zreker�ts�k �ket. Logan �s Vad�c �lelmiszert v�s�rolnak, amikor r�juk akadnak - Vad�c vezet�s�vel kell visszamenek�lni�k a barlangba, ahol bujk�lnak. Ororo �s McCoy elmennek t�rgyalni az emberekkel. K�zben Buld�zer kiszabadul, �s egy v�ros g�tj�t t�nkre akarja tenni, �m az X-ek megakad�lyozz�k �t. V�g�l megtal�lj�k a professzort, aki Buld�zer hely�be ker�lt.

3x03 - F��ram (Mainstream)
  Az X-ek visszak�lt�znek az int�zet alagsor�ba. T�bb �joncot is hazavisznek a sz�leik. A mut�nsokat zaklatj�k vagy elutas�tj�k az iskolat�rsaik. A Testv�ris�g �r�l, hogy nem kell iskol�ba j�rniuk, de az igazgat� szem�lyesen k�ri meg �ket erre. Farkas Kolosszussal tal�lkozik, aki az�rt maradt Magnetoval, mert nincs m�s v�laszt�sa. Jeant�l elveszik az �rmeit. Este, amikor megvitatj�k, hogy j�rhassanak-e a mut�nsok tov�bb az iskol�ba, az X-ek az erej�k haszn�lata n�lk�l harcolnak a Testv�ris�g ellen, majd megmentik az embereket.

3x04 - Gazemberek ideje (The Stuff Of Villains)
Wanda meg akarja tal�lni az apj�t, ez�rt Kalib�nhoz fordul, aki elutas�tja k�r�s�t. Az X-ek k�z�s er�vel �p�tik fel az �p�letet. Wanda megtal�lja testv�r�t, �s csalinak haszn�lja, hogy Magneto megjelenjen. Gambit sz�l a Testv�ris�gnek, hogy szabad�ts�k ki - Vad�c �s Kitty pedig k�vetik �ket. V�g�l Vad�c�k mentenek meg mindenkit, Pietro lesz a Testv�ris�g vez�re, �s Kitty�k b�ntet�st kapnak az ell�gott hatodik �ra miatt.

3x05 - Vakv�g�ny (Blind Alley)
Mystique megsz�kik az int�zetb�l, ahov� z�rt�k. Az X-ek tov�bb �j�tj�k az int�zetet - m�r majdnem eredeti �llapotban van. Scottot felh�vja az �ccse, hogy menjen el �rte a rept�rre. Miut�n oda�r, kider�l, hogy Mystique az, aki bossz�t �ll rajta: kirakja egy sivatagba, a szem�vege n�lk�l. Ott megt�madj�k a farkasok, majd megtal�lj�k az emberek, akik beviszik egy k�rh�zba, amit � lerombol, mert kinyittatj�k a szem�t. Elmenek�l, de Mystique k�veti, �s harcolni kezd vele. V�g�l Jean egy l�tom�sa alapj�n megtal�lja Scottot.

3x06 - Extr�m int�zked�sek (X-Treme Measures)
Ennek a r�sznek a f�szerepl�je Evan, aki benevezett egy g�rdeszkaversenyre, amit egy energiaital-gy�rt� c�g szponzor�l. Egy fi� �sszebar�tkozik vele a suliban, csak az�rt, hogy megv�dje �t a "kem�ny fi�kt�l". K�zben Kitty vezetni tanul t�bb-kevesebb sikerrel. A verseny napj�n Evan j�l teljes�t, �m egy fi� megv�dolja, mert mut�ns. Evan kisz�ll a versenyb�l, �s iszik az energiaitalb�l, ami a mut�nsok sz�m�ra m�rgez�. A martal�cok mentik meg, �s �gy d�nt seg�t nekik, �s csatlakozik hozz�juk.

3x07 - A varangy, a boszork�ny, �s a ruh�sszekr�ny (The Toad, The Witch, And The Wardrobe)
Egy Agymester nev� mut�ns menek�l Magneto el�l, siker n�lk�l. Piro, miut�n felgy�jt egy hidat, egy jelet hagy Wand�nak, egy s�paradicsom kulcstart�j�t. Jean el�rulja Wand�nak, hogy Pietro �jra a Testv�ris�gn�l van.  A t�bbi tag fell�zad Pietro ellen, amikor megjelenik Wanda, �s � gyorsan elb�jik a ruh�sszekr�nyben. Kurtot megh�vt�k Amanda sz�lei, �m Varangy bet�r hozz�juk, ellopja a holo-�r�j�t, �s teljesen sz�trombolja a h�zat. Azzal a felt�tellel adja vissza, ha kiszabad�tj�k Wand�t, akinek Agymester �t akarja �rni az eml�keit, hogy Magnetora j� apak�nt eml�kezzen. V�g�l ez siker�l neki, �s �gy mindenki j�l j�r.

3x08 - �nuralom (Self Possessed)
Vad�cot egyre jobban k�nozz�k az �ltala meg�rintett emberek szem�lyis�gei. Risty, hogy kikapcsol�djon, mag�val h�vja az aznap esti koncetre, ahov� egy�bk�nt Scott, Jean, Kitty �s Jamie is elmennek. �m ott Vad�c hozz��r Ristyhez, aki �talakul Mystique-k�, Vad�c pedig Kardfogg�. �ld�zik �t, mik�zben egyre t�bb k�pess�get haszn�l, �s elvesz�ti az uralm�t a teste f�l�tt. V�g�l Farkas �s X professzor seg�ts�g�vel ki�zik bel�le a szem�lyis�geket.

3x09 - Lakat �s z�r alatt (Under Lock And Key)
Mesmero Gambitet haszn�lja egy �kk� megszerz�s�hez, amire Angyal fel�gyel. � elrep�l az X-ekhez, akik �ppen baseballoznak, hogy tudassa vel�k a h�rt. Vad�c m�g mindig a gyeng�lked�ben van. Magneto�k �s az X-ek is meg akarj�k szerezni a k� m�sik fel�t, �s amikor Magneto �sszerakja a kett�t, egy hatalmas, z�ld p�k keletkezik bel�le, ami egyenes ir�nyba halad �t mindenen. Xavier min�l t�bbet akar err�l megtudni, � csak meg�ll�tani akarja, de Magneto elpuszt�tja a p�kot. Ezut�n kider�l, hogy a p�k �rz� volt, amely Apokalipszis kiszabadul�s�t volt hivatott megakad�lyozni.

3x10 - Haj�kir�ndul�s (Cruise Control)
N�h�ny X haj�kir�ndul�sra indul, ami nem csak a l�tv�ny miatt, hanem az�rt is tetszik nekik (kiv�ve Amar�t, aki nem viseli t�l j�l az utat), mert a haj�n nem ismerik a kil�t�ket. �m ez Tabitha miatt elt�nik, mert felfedik kil�t�ket. �gy t�bben, k�l�nb�z� okokb�l elhagyj�k a haj�t, �s egy szigetre utaznak, ahol egy m�k�d� vulk�n van, amit Amara v�letlen�l fel�breszt. Az X-ek megv�dik az ott lak�kat, akik �nneplik �ket. Amara v�g�l le�ll�tja a vulk�nt, �s Ciklon visszaviszi a tan�tv�nyait a haj�ra.

3x11 - X-23 (X23)
Egy titokzatos mut�ns t�r be a Hydra k�zpontj�ba, ahol Logan adatait n�zi meg. Logant elh�vja egy "r�gi ismer�se", hogy tal�lkozzon egy professzorral, aki besz�mol neki X-23-r�l, a t�k�letes fegyverr�l. �m hi�ba t�k�letes, elszabadult, �s hihetetlen d�he most arra ir�nyul, akib�l kl�nozt�k: Farkasra. Bet�r az X-ekhez, ahol mindenkit hat�stalan�t Farkas kiv�tel�vel, �m � arra buzd�tja, hogy hagyja felt�rni az �rz�seit. V�g�l X-23 elmenek�l.

3x12 - S�t�t kil�t�sok 1. r�sz (Dark Horizon - Part 1)
Vad�c �jszaka minden X-men k�pess�g�t elsz�vja, akik ez�rt m�snap k�sve indulnak el. D�lut�n a Testv�ris�get l�togatja meg, �s veszi el a k�pess�geiket. Ezut�n Magnet��k ker�lnek sorra. M�snap, az �vz�r�n, Magneto �s csapata megjelenik, �s k�zlik, hogy Vad�c Mesmero befoly�sra alatt �ll. A sz�lak egy Apokalipszis nev� mut�nshoz vezetnek, aki egyiptomi volt. El is mennek Egyiptomba, ahol megtal�lj�k az �si bej�ratot...

3x13 - S�t�t kil�t�sok 2. r�sz (Dark Horizon - Part 2)
A katakomb�kban �ri�si szobrok kelnek �letre, akik el akarj�k puszt�tani a behatol�kat. Xavier, Magneto �s McCoy egy olyan terembe jutnak, ahol a falakon Apokalipszis t�rt�nete l�that�. Apokalipszis a valaha �lt legnagyobb mut�ns volt, aki mindenkit mut�nss� akart tenni, �m h�vei az utols� pillanatban el�rult�k, �s bez�rt�k �t. Xavier megtal�lja a j�rm�t, k�zben Mystique kinyitja az ajt�t, ami�rt az �let�vel fizet - k�v� v�ltozik. Vad�c megtal�lja Apokalipszist, aki elsz�vja minden erej�t. Apokalipszis �j �letre kel, �s elt�nik a j�rm�ben.