2x01 - Növekvő fájdalom (Growing Pains)
Ebben a bevezető részben megismerhetünk egy csomó új X-et, az Újoncokat. Új igazgató kerül a Bayville-i gimnázium élére, aki egy beszédet tart. Ezen a beszéden barátkozik össze Vadóc egy Risty nevű új lánnyal. Lavina földrengést kelt a beszéd alatt, így leesik az eredményjelző tábla. Az esti meccsen a Testvériség felfedi magát az emberek előtt, de Xavier kicseréli az emlékeiket.

2x02 - Hullámzó erő (Power Surge)
Jean ereje igen megnövekedett az utóbbi időben, mindenki gondolatát hallja. Így "veszíti el a fejét", miközben a legjobb női labdarúgó díjat veszi át. Duncan szervez egy bulit Jean tiszteletére, ahová Scott, Vadóc és Risty is elmegy. Jean annyira nem bír az erejével, hogy belelöki Scottot a medencébe. Másnap ezek a problémák fokozódnak, így visszaszállítják Jeant az intézetbe, ahol csak közös erővel sikerül csökkenteni a fájdalmát (ebben a legnagyobb szerepet Vadóc játssza, aki elszívja erejének egy részét).

2x03 - Bada bing bada bung (Bada-Bing Bada-Boom)
Az egyik újonccal, Tabithával sok probléma van: nem figyel oda, elpoénkodja az edzéseket, stb. Egyik nap feltűnik az iskolában az apja, és a segítségét kéri, miközben Tabitha anyjára hivatkozik. Közben megrendezésre kerül az iskolai fesztivál, amire Kurt és Tabitha elszöknek. Az apja félrehívja, hogy segítsen neki elrabolni az eddigi bevételt. A Testvériség is harcba száll a pénzért, de végül elfogják Tabitha apját, a lány pedig kilép az X-ek közül.

2x04 - Móka és kacagás (Fun And Games)
Mivel a professzornak a bátyja miatt el kell utaznia, Jeanre és Scottra bízza a fiatalokat. Ám Kurték kitalálják, hogy rendezzenek egy bulit. Hogy erre Jeanék ne jöjjenek rá, elcsalták őket messzire, és ellopták a kocsikulcsot. A bulira elmegy egy számítógépzseni Ristyvel, aki felfedezi a Celebrot, és Risty utasítására kiírja egy CD-re a mutánsok adatait. Az X-ek bemennek az edzőterembe, és a srác játékkarakterekként kezeli őket. Végül Vadócnak sikerül őt megérintenie. Kiderül, hogy Risty valójában Mystique.

2x05 - A Bayville-i bestia (Beast of Bayville)
A kémiatanárt, Hank McCoyt furcsa tünetek gyötrik. Evan az egyik órájáról ellógott, hogy deszkázzon, és így az edzésről is lekésett. McCoy azt mondja neki, hogy ha megtanul egy Shakespeare-idézetet, akkor elnézi ezt neki. Kiderül, hogy ő is mutáns, és képességét eddig kémiai szerekkel tartotta kordában. Ám egyik este véglegesen átalakul, a bestia veszi át fölötte az uralmat. Az X-ek megtalálják, és Evan és a professzor segítségével megszelídítik. McCoy csatlakozik az X-ekhez.

2x06 - Elsodródva (Adrift)
Beköszönt a tél. Scott elmegy meglátogatni az öccsét Hawaiira, aki bemutatja szörftudását bátyjának, ám egy hullám elsodorja. Scott utánaindul, hogy megmentse, de a mentőosztag sem bírja őket kimenteni, csak Ciklon. Gyakorlatilag az egész rész erről szól, meg arról, hogy Kurt szórakozik a holoórájával, amit az epizód végefelé elront, de a professzor megjavítja neki... egy kis változtatással.

2x07 - Angyal szárnyakon (On Angel's Wings)
Bayville-be is elérkezett a karácsony. Mindenki hazatér az ünnepekre, kivéve Vadócot és Scottot. New Yorkban egy angyal kinézetű mutáns menti meg sorra az embereket. Scotték úgy döntenek, hogy elmennek kivizsgálni az ügyet. Az egyik mentőakciónál az angyal véletlenül (Magneto hatására) lelök egy kislányt a hídról, de utánaugrik megmenteni. Magnetonak mégis sikerül ellene fordítania az embereket. Végül Vadócék legyőzik Magnetot.

2x08 - Afrikai ciklon (African Storm)
Ororot az egyik - Evannal folytatott - gyakorlata során hatalmába keríti a fóbiája. Nyugtalanul viselkedik, arra az időkre emlékezve, amikor még egy afrikai törzs tagja volt, de elment onnan, hogy egyetemi tanulmányokat folytathasson. El is rabolják őt, és elszívják a lelkét. Ekkor jelennek meg az X-ek, és Evan visszaszerzi nagynénje lelkét.

2x09 - Száguldás (Joyride)
Lance úgy dönt, hogy csatlakozik az X-ekhez. Ám a gyakorlatokat nem veszi komolyan, az igazi áldozata helyett inkább Kittyt menti meg. Ekkortájt fedezik fel az újoncok, hogy milyen jó dolog a száguldás. Rendre minden járművet kipróbálnak, még az X-gépet is. Lance csak az elején vesz részt benne, de amikor az X-gépet viszik el, felébreszti Kittyt, hogy akadályozzák meg őket. Az út nem sikerül túl jól, két vadászpilóta veszi üldözőbe őket, de sikerül lerázni. Végül Lance kilép az X-ektől.

2x10 - Az élet keményebb oldalán (Walk On The Wild Side)
Amara egy osztályba kerül Tabithával, aki úgy érzi, hogy barátnőjének egy "csajos délutánra" van szüksége. El is indulnak, Jean is követi őket, de útközben rájönnek, hogy a bűnüldözés sokkal élvezetesebb és hasznosabb. Ezután öten üldözőbe veszik a bűnözőket, és a Bayville-i Szirének néven válnak ismertté. Lefülelnek egy autótolvajbandát, de a rendőrség is elkapja őket, ám végül mégis elengedik. Ezzel véget ért a "bűnüldöző karrierjük".

2x11 - Újjászületés hadművelet (Operation Rebirth)
Vadócnak, Logannak és Kurtnek egy új feladatot kell végrehajtaniuk: elpusztítani az újjászületés hadművelet megmaradt készülékét, melyet Stryker szerint újra használatba vett valaki. Először Amerika Kapitányon próbálták ki a háborúban, ám az eredmény nem lett tökéletes: nagy fájdalmai támadtak. Magneto próbál újra erőhöz jutni a gép segítségével, és a rábeszélése miatt Kurt sem robbantja fel a gépet. Mivel ők is megkegyelmeztek neki, ő is megkegyelmez nekik, és futni hagyja őket.

2x12 - Hipnózisban (Mindbender)
Jeant hipnotizálja egy Mesmero néven ismert mutáns (egy vándorcirkuszban vásárolt doboz segítségével), aki eltűnik, és csak később találják meg a Celebro segítségével egy múzeumban, ahonnan egy gyűrűt lopott el. Másnap visszatér, és társaivá teszi Kittyt, Kurtot és Evant is. Ők ellopják a maradék két gyűrűt, amivel ki tudják nyitni az első ajtót Apokalipszishez. 

2x13 - Árnyék tánc (Shadow Dance)
Forge visszatér, hogy többet tudjon meg Árnyék képességéről. Készít egy olyan készüléket, amivel lelassíthatják Árnyék teleportálását, hogy megvizsgálhassák azt a dimenziót, amin keresztülhalad. Kiderül, hogy ott "szerves létformák" is vannak, elég agresszívak, nagy fogakkal és karmokkal. Közben egy lány (Amanda) elhívja Kurtot a hölgyválasz bulira. Kurt réseket hagy a teleportálásával, és így a szörnyek át tudtak jönni erre a világra. Forge segítségével végül visszaküldik őket.

2x14 - Tanulmányi kirándulás (Retreat)
Kitty ötlete alapján Xavier professzor elküldi Bestiát a biológiából gyengébb tanulókkal, azaz Kittyvel, Bobbyval, Rahne-val és Robertoval egy tanulmányi kirándulásra az erdőkbe. Ám Bestiát összetévesztik Nagylábbal, és elfogják. Beszélni kezd az ottani professzorhoz, aki megdöbben, és az ő pártját fogja, de két ember le akarja őt lőni. A végén az X-ek mentik meg őket a fulladástól.

2x15 - Boszorkány faktor (The HeX Factor)
Egy nagy hatalmú mutánst, Wandát Mystique megszökteti az intézetből, ahová zárták, és a Testvériséghez csatlakoztatja. Ekkor Tabitha kiszáll a Testvériségből. Ám ott van Pietro, a fivére, akit nem szívlel, mert nem ellenkezett, amikor Magneto, az apja, bezárta őt az intézetbe. Egy nő segít neki kontrollálni az erejét, majd egy este "bemutatót" tartanak a bevásárlóközpontban, és legyőzik az X-eket.

2x16 - A leszámolás napja 1. (Day Of Reckoning - Part 1)
Farkast, miközben Kardfogot üldözi, elfogják. A professzor azt mondja, hogy túl gyengék az X-ek, és új csapattársaikként a Testvériséget mutatja be, elindulnak egy küldetésre, de Scott kiszáll a csapatból. Az intézetben valaki elindította az önmegsemmisítő módot, csak Amara tud kijutni, akit Tabitha megment. Kiderül, hogy Farkast azért fogták el, hogy teszteljenek rajta egy robotot, melynek célja a mutánsok megsemmisítése.

2x17 - A leszámolás napja 2. (Day Of Reckoning - Part 2)
Az X-ek és a Testvériség csapata harcolni kezdenek Magneto csapata ellen. Scott, Amara és Tabitha bejutnak az intézetbe, majd ott találkoznak a többiekkel. Ezután az intézet felrobban. A másik helyszínen megjelenik a robot, így egy közös ellenségük lesz, aki elfogja a mutánsok nagyrészét. Wanda elzárja Magneto erejét, így az nem tudja megsemmisíteni a robotot. Végül az rázuhan Magnetora. Mikor mind visszatérnek, Scott felfedi a tényt, miszerint a professzor valójában Mystique.